예금주께서 관할행정기관에 내방하셔서 업무처리를 하셔야 할것 같습니다. 일선에서는 등록서류가 우선이기 때문에 농지원부 등록여부를 기준으로 농특세비과세혜택을 부여하셔야 할것으로 사료됩니다.세무감사가 종종 있는 일은 아닙니다만 기본은 지켜서 업무처리하심이 맞을듯 싶습니다.